Pelaksanaan otonomi pendidikan menuntut perubahan sistem evaluasi yang tidak hanya menjalankan fungsi pengawasan tetapi juga fungsi pembinaan dan pemberdayaan pendidikan. BAN-S/M adalah lembaga evaluasi mandiri yang menetapkan kelayakan program dan/atau satuan pendidikan formal dasar dan menengah dengan mengacu pada standar nasional pendidikan. BAN-S/M mempunyai tugas merumuskan kebijakan operasional, mensosialisasikan kebijakan, dan melakukan akreditasi Sekolah/Madrasah. Dalam menjalankan fungsinya, BAN-S/M harus diarahkan pada upaya menjamin terselenggaranya pelayanan pendidikan yang bermutu dan memberdayakan sekolah yang dievaluasi dalam menghasilkan lulusan berdasarkan standar yang telah ditetapkan. Pengawasan dan pembinaan pendidikan harus dilakukan baik di tingkat satuan pendidikan maupun manajemen birokrasi. Mutu pendidikan akan berjalan sesuai dengan apa yang seharusnya dan diharapkan oleh masyarakat jika ada standar yang dijadikan tolak ukur.